Comme décrit dans la section Prononcer, il y a quelques irrégularités dans la phonétique japonaise, qui se répercutent dans l'écriture. Notamment, les kana JI et ZU de la ligne des D (entre parenthèses) sont rarement utilisés car ils sont phonétiquement redondant avec les JI et ZU de la ligne des Z. Pour les différencier, nous pouvons toutefois les noter DJI et DZU.

Remarquons que les kana des lignes G, Z, D, B et P ont une graphie exactement similaire à ceux des lignes K, S, T et H. Ils ont seulement en plus en haut à droite, deux petits traits (appelés ten-ten) ou un petit rond (appelé maru).

Les hiragana sont facilement reconnaissables de part leur graphie très cursive. A l'origine, les hiragana étaient des kanji écrits dans un style très cursif et choisis pour leur prononciation.