L'ordre alphabétique japonais est le GOJÛONJUN (godjou onjoune), soit "l'ordre des 50 sons". Il se compose de cinq séries de consonnes non-voisées associées aux cinq voyelles phonétiques :
A KA SA TA NA HA MA YA RA WA
I KI SHI CHI TCHI NI HI MI RI
U KU SU TSU NU HU MU YU RU
E KE SE TE NE HE ME RE
O KO SO TO NO HO MO YO RO WO.

Les consonnes voisées suivent leurs consonnes correspondantes non-voisées. Le GA suit le KA, le ZA suit le SA, le DA suit le TA, BA suit le HA, et le PA suit le BA. La série des A étendue devient :
A KA GA SA ZA TA DA NA HA BA PA MA YA RA WA. C'est l'ordre utilisé dans les dictionnaires.

On remarque que toute les séries ne comportent pas le même nombre de phonèmes car certains phonèmes n'existent simplement pas en japonais.

Il existe aussi un ordre alphabétique traditionnel, exprimé sous la forme d'un poème (ou chant) comportant tous les phonèmes une seule fois. Il n’est plus beaucoup utilisé de nos jours. On le retrouve parfois encore comme numérateur de liste (comme équivalent de 1, 2, 3, etc.) ou comme nom de restaurant, mais cela ne dépasse guère les 5 ou 6 premiers phonèmes.
I RO HA NI HO HE TO CHI RI NU RU WO
WA KA YO TA RE SO TSU NE NA RA MU
U WI NO O KU YA MA KE HU KO E TE
A SA KI YU ME MI SHI WE HI MO SE SU.

On remarque la présence dans cet alphabet de WO, WI et WE. Ces phonèmes ne sont plus utilisés (sauf le WO dans un cas particulier) et sont prononcés depuis longtemps O, I et E.

Notez bien l'absence de certains phonémes : SI, TI, TU, ZI, DI et DU. Ces phonèmes ne sont pas utilisés en japonais.

Les allongement de "son" sont la bête noire des francophones. Les francophones sont incapables, sauf cas particuliers, de distinguer un son normal d'un son allongé. Pourtant, ils ne sont pas difficiles à prononcer, puisqu'il s'agit de prononcer plus longtemps la syllabe allongée. Cela dit, il est recommandé de s'entraîner à les distinguer car ils font pleinement partie de la langue japonaise.

Les allongements de son se notent normalement A, I, U, E, O. Par commodité, nous les noterons plus généralement avec l'accent circonflexe ou la répétition de la voyelle.

Les doublement de consonnes (ou "consonnes géminées") ne sont pas facile à distinguer au début. Il s'agit de prononcer deux fois la consonne avec un court temps d'arrêt entre les deux, un peu comme le "t" dans "At...tchoum !".

Le doublement peut se faire avec les consonnes BB, CC, DD, FF, GG, HH, JJ, KK, PP, RR, SS, TT, VV et ZZ.

Ces phonèmes "rajoutés" ne sont généralement pas bien prononcés par les Japonais, mais ils offrent tout de même la possibilité d'exprimer certains mots étrangers qui seraient fortement déformés sans ces phonèmes.
Cela dit, le fait de déformer fortement certain phonèmes n'empêchent pas les Japonais de les utiliser un peu partout, pour des noms de marque, etc.

Attention à na pas confondre le TI et le TU de la méthode Hepburn avec le TI et le TU de la méthode Kunrei. En effet, en méthode Kunrei, les sons "tchi" et "tsu" s'écrivent TI et TU.